针对自建厂房出售增值税税率的适用问题，我们可以从相关法律依据中找到明确答案。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二条规定，增值税税率：（二）纳税人销售交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，税率为9%。同时，《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件2第一条第（八）项规定，一般纳税人销售其2016年4月30日前自建的不动产，可以选择适用简易计税方法，以取得的全部价款和价外费用为销售额，按照5%的征收率计算应纳税额；销售其2016年5月1日后自建的不动产，应适用一般计税方法，税率为9%。因此，若您是一般纳税人且销售2016年5月1日后自建的厂房，适用9%税率可按9%开票；若选择简易计税或为小规模纳税人，则适用5%征收率，不能按9%开票。
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在处理自建厂房出售增值税开票问题时，以下常见错误操作需避免。
1. 混淆税率与征收率：将5%的征收率错误地按9%税率开票，导致开票不合规，可能面临税务处罚。例如，小规模纳税人销售自建厂房时按9%开票，会因税率适用错误被税务机关要求更正。
2. 随意选择计税方式：一般纳税人未根据厂房建造时间选择正确的计税方式，如2016年4月30日前建造的厂房错误选择一般计税按9%开票，可能导致多缴税款。
3. 缺乏证明材料：未保留厂房建造时间、纳税人身份等证明材料，无法向税务机关说明税率适用的合理性，引发税务争议。
若您在操作过程中出现上述错误，建议及时联系专业律师或税务顾问进行纠正。欢迎进一步向我们咨询，我们将帮助您解决税务合规问题。
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关于自建厂房出售时增值税税率能否从5%按9%开票的问题，需结合不同情形判断。
不能直接将5%税率按9%开票，具体需根据纳税人身份和计税方式确定。
1. 若您是小规模纳税人：自建厂房出售适用5%的征收率，不得按9%税率开票，因为小规模纳税人不适用一般计税方法的税率。
2. 若您是一般纳税人且选择简易计税：自建厂房出售可适用5%的征收率，此时也不能按9%税率开票，简易计税有专门的征收率规定。
3. 若您是一般纳税人且选择一般计税：自建厂房出售适用9%的税率，可按9%开票，但需满足一般计税的条件（如抵扣进项税额等）。
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在处理自建厂房出售增值税开票问题时，存在一些特殊情况会影响税率的适用。
1. 厂房部分出租部分出售：若自建厂房先出租后出售，需根据出租时间和出售时间确定计税方式。例如，2016年4月30日前建造的厂房出租后出售，若出租时选择简易计税，出售时仍可选择简易计税按5%征收率开票；若出租时选择一般计税，则出售时需按9%税率开票。
2. 厂房涉及资产重组：若自建厂房在资产重组过程中出售，可能适用特殊税收政策。例如，通过合并、分立等方式转让厂房，符合条件的可暂不征收增值税，此时开票税率需根据具体政策确定。
3. 小规模纳税人转为一般纳税人：若在出售厂房前从小规模纳税人转为一般纳税人，需根据转登记时间和厂房建造时间确定税率。例如，转登记前建造的厂房，转登记后出售可选择简易计税按5%征收率开票；转登记后建造的厂房，需按一般计税9%税率开票。这些特殊情况会直接影响税率的选择和开票合规性，需特别注意。

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